El organigrama de la Agencia de Vivienda y Rehabilitación de Andalucía tiene su máximo exponente en la Dirección General. A partir de este puesto, se fija una estructura en la que el segundo nivel lo ocupa la Gerencia, y en un tercer nivel figuran, por una parte, cuatro Direcciones de Áreas, de Administración General, Económico-Financiero, Operaciones y Parque Público de Vivienda, y de otra parte, las ocho direcciones provinciales.