Fundado en 1844, desde 1862 ocupa distintas dependencias de lo que fue el antiguo Hospital de la Caridad, institución patrocinada por los Reyes Católicos a fines del siglo XV.

Sus fondos están constituidos fundamentalmente por obras procedentes de los conventos cordobeses desamortizados en 1835 más los incrementos de las desamortizaciones de 1868 y las posteriores donaciones, depósitos y co

Su discurso se orienta básicamente a presentar el arte cordobés de los siglos XIV al XXI, contando también con una sala que se dedica a la exhibición de obras sobre papel de manera rotatoria.

Este museo cuenta con un importante repertorio de obras de los siglos XIV al XVI de artistas como Alonso Martínez, Pablo de Céspedes y Juan de Peñalosa.

Del barroco cordobés, destaca Antonio del Castillo Saavedra, Juan de Valdés Leal y Juan de Alfaro, así como una escultura de Juan de Mesa.

Un capítulo muy significativo del arte cordobés es el desarrollado entre la primera desamortización y la Guerra Civil. Está aquí, entre otros, el grueso de la obra de Rafael Romero Barros y sus discípulos: sus hijos Rafael, Enrique y Julio Romero de Torres. El fondo de pinturas, esculturas, grabados y fotografías del siglo XX está formado por trabajos de Equipo 57, Rafael Botí, José M.ª Báez, Jacinto Lara y Pedro Bueno, entre otros.

El museo también dispone de una colección de arte moderno español, donde se conserva obras de Mariano Fortuny, Santiago Rusiñol, Ramón Casas, Ignacio Zuloaga o Gonzalo Bilbao.

Por otra parte, la colección de dibujos y estampas es una de las secciones más singulares entre sus fondos. Cuenta con obras de José de Ribera, Antonio del Castillo, Antonio García Reinoso, Joaquín Sorolla y Vicente López, entre otros, mientras que la compuesta por estampas está formada por trabajos de autores como Francisco de Goya o Ricardo Baroja.

Anexa se encuentra la Colección Romero de Torres, compuesta por el legado arqueológico, artístico y bibliográfico de esta familia, adquirida por la Junta de Andalucía en 1988.