El día 30 de julio de 1979, el Consejo Permanente de la Junta de Andalucía aprobó el Decreto 1/1979, sobre creación y publicación del Boletín Oficial de la Junta de Andalucía, siendo publicado el sábado 11 de agosto de 1979 en el primer Boletín Oficial de la Junta de Andalucía que se editó (el número 1 de 1979). Boletín que fue impreso en los talleres de la Excma. Diputación Provincial de Sevilla.
El día 22 de diciembre de 1982, el Consejo de Gobierno de la Junta de Andalucía, aprobó el Decreto 152/1982, sobre adscripción del Boletín Oficial de la Junta de Andalucía a la Consejería de la Presidencia, que se publicó el martes 4 de enero de 1983, en el Boja núm. 1 de 1983.
El día 5 de octubre de 1983, el Consejo de Gobierno de la Junta de Andalucía aprobó el Decreto 205/1983, por el que se aprueba el Reglamento del Boletín Oficial de la Junta de Andalucía, el cual se publicó el viernes día 14 de octubre de 1983, en el Boletín núm. 82.
El día 3 de marzo de 1994 fue impreso el primer Boja en los talleres propios de la Junta de Andalucía adscritos a la Consejería de la Presidencia.
En el siguiente año de 1995, concretamente el sábado día 2 de septiembre y en el Boja núm. 118, se publicó la Resolución de la Secretaría General Técnica de la Consejería de la Presidencia, por la que se establece el procedimiento a seguir para la remisión de disposiciones para su publicación en el Boletín Oficial de la Junta de Andalucía grabadas en soporte magnético. Disposición que es modificada posteriormente por Resolución de la misma Secretaría General Técnica, de 22 de abril de 1997, sobre la remisión en soporte magnético de disposiciones, anuncios, sentencias y demás documentos que hayan de publicarse en el Boletín Oficial de la Junta de Andalucía, la cual se publicó en el Boja núm. 51 del sábado 3 de mayo de 1997.
Conviene mencionar también la Instrucción de 22 de diciembre de 2004, de la Secretaría General Técnica de la Consejería de la Presidencia, por la que se dictan normas sobre la periodicidad y edición del Boletín Oficial de la Junta de Andalucía, publicada en el Boja núm. 255 del viernes 31 de diciembre de 2004, cuya principal novedad es que la paginación de cada número es independiente a partir del primer ejemplar correspondiente al año 2005.
El día 20 de marzo de 2012, el Consejo de Gobierno de la Junta de Andalucía aprobó el Decreto 68/2012 de Ordenación del Boletín Oficial de la Junta de Andalucía. Como consecuencia de su entrada en vigor, desde el día 10 de mayo de 2012 el BOJA se publica en formato digital en la sede electrónica del BOJA, utilizando estándares abiertos y aquellos otros de uso generalizado por la ciudadanía.
El día 9 de octubre de 2018, el Consejo de Gobierno de la Junta de Andalucía aprobó el Decreto 188/2018 de Ordenación del Boletín Oficial de la Junta de Andalucía que moderniza cuestiones sobre el procedimiento y actualiza la estructura del boletín, derogando el anterior Decreto.