El Consejo de Gobierno ha aprobado la inscripción en el Catálogo General del Patrimonio Histórico Andaluz (CGPHA), como Bien de Interés Cultural (BIC), con la tipología de Monumento, la iglesia de San Juan Bautista de Málaga, un templo integrado en la imagen de la ciudad desde finales del siglo XV, cuando se convirtió en una de las cuatro parroquias -junto al Sagrario, Santiago y Santos Mártires- que se erigieron en 1497, tras la conquista de los Reyes Católicos.
Este inmueble, al que se otorga la máxima protección patrimonial con la declaración BIC, es un claro ejemplo del cambio artístico que se registró en el siglo XVIII hacia unas formas típicamente barrocas. En este sentido, destaca la presencia de pinturas murales en la fachada, lo que responde a las características de la arquitectura malagueña del siglo XVIII, cuando la ornamentación jugó un papel esencial.
De la iglesia original conserva algunos aspectos como el artesonado mudéjar, que se encuentra debajo de las bóvedas actuales, y el techo del inmueble. Elementos artísticos que se integran con otros más actuales, como el retablo mayor, realizado hacia 1957, y obra de Pedro Pérez Hidalgo, o el púlpito, realizado por Diego Muñoz en 1760.
Con la inscripción en el catálogo general no solo se protege al inmueble en sí, sino que además se da protección al entorno y a un total de 48 bienes inmuebles, entre los que sobresalen algunas esculturas como el Cristo de la Vera Cruz del siglo XVI, la Virgen con el Niño o la pila bautismal, del siglo XVIII. Asimismo, se han incluido la escultura de San Juan Bautista, que da nombre al templo, ocho cálices, un incensario, una dalmática, un reloj o siete casullas.
La iglesia de San Juan Bautista tiene planta basilical, de tres naves, separadas por arcos de medio punto sobre pilares de basas, forradas por mármoles polícromos con embutidos. Se cubre la nave central con bóvedas de medio cañón con fajones y lunetos arcos y las laterales con bóveda e arista. Éstas se decoraron en 1740, abriéndose a ellas capillas en distintas épocas, patrocinadas por las cofradías con sede en la iglesia, e intercaladas con altares neobarrocos dedicados a diversas devociones.