La Conferencia de Asuntos Relacionados con la Unión Europea es un órgano de cooperación entre el Estado y las Comunidades Autónomas para articular adecuadamente la concurrencia de éstas en las cuestiones propias de su participación en los asuntos comunitarios europeos.
La Conferencia se constituyó en el año 1988, y la experiencia mantenida en su seno demostró que era un foro adecuado para ir resolviendo en común los diversos temas que esta participación planteaba, por lo que en su reunión de 29 de octubre de 1992 se adoptó el Acuerdo de institucionalización, completado el día 14 de junio de 1994, por otro Acuerdo que ampliaba su ámbito temático.
Posteriormente, la Ley 2/1997, de 13 de marzo, por la que se regula la Conferencia para Asuntos Relacionados con las Comunidades Europeas, reforzó la articulación de este mecanismo de cooperación, garantizándose así, un procedimiento para la intervención efectiva de las Comunidades Autónomas en la elaboración y ejecución del Derecho comunitario, y en el desarrollo del proceso de construcción europea.
El Acuerdo de 9 de diciembre de 2004 adoptado por la CARUE definió la participación directa de las Comunidades Autónomas en cuatro formaciones internas del Consejo de la Unión Europea: Empleo, Política Social, Sanidad y Consumidores; Agricultura y Pesca; Medio Ambiente; y Educación, Juventud y Cultura. Formaciones a las que posteriormente se sumó la de Competitividad y asuntos de Consumo, mediante la modificación del Acuerdo aprobada el 2 de julio de 2009.
Por otro lado, en 2004 la CARUE adoptó, también mediante acuerdo, la designación por consenso de dos consejeros autonómicos para participar en la Consejería para Asuntos Autonómicos en la Representación Permanente de España ante la UE (REPER).
Desde entonces la CARUE ha adoptado sucesivos acuerdos de modificación del sistema de representación autonómica en las formaciones del Consejo de la Unión Europea, disponibles en el sitio web del Ministerio.