La apertura de la fosa del cementerio de San Rafael desenterró una herida profunda de la represión franquista con la exhumación de los cuerpos de 2.840 personas de las 4.471 asesinadas en Málaga.
La excavación arqueológica había confirmado la aparición de la mayor zona de exterminio de la represión en España, como constataba el equipo arqueológico encargado de los trabajos a pie de fosa.
Los testimonios orales permitieron constatar que las víctimas eran fusiladas a la entrada de este antiguo camposanto. Tras recibir el tiro de gracia, los cadáveres eran trasladados con una parihuela para ser arrojados bajo tierra. Otros eran asesinados a pie de fosa.
El 16 de octubre de 2006 empezaron a realizarse las exhumaciones de los restos, terminando tres años más tarde, justo en la misma fecha. Nueve complejos funerarios fueron localizados.
A todas las víctimas que fueron asesinadas en San Rafael los traían de las cárceles. Tras arrojarlos a las zanjas, pegados y amontonados para aprovechar el espacio, derramaron cal viva y sepultaron bajo tierra los cadáveres. Muchos de ellos fueron encontrados en posiciones extremas. La lluvia, después, remató el trabajo, dejando que la cal se filtrara hasta que hirvió, desfigurando las ropas, los rostros, la piel y los músculos.
La represión franquista se desató de forma particularmente cruel a partir de febrero de 1937 tras la ocupación de la ciudad por las tropas rebeldes. En dos meses, entre febrero y marzo, según el Informe Final de la exhumación, los falangistas causaron 2.044 muertes, la gran mayoría de ellas con un tiro de gracia que en muchos casos no provocó la muerte inmediata.
Tras la intervención arqueológica, sus restos descansan en una gran pirámide, en forma de mausoleo, en la zona contigua a la que fueron asesinados.