La organización y el funcionamiento de los centros educativos se encuentra regulada en los Decretos sobre Reglamento Orgánicos. Dichos Reglamentos posibilitan el ejercicio de la autonomía de los centros, autonomía que se encuentra estrechamente ligada a la responsabilidad y al respeto de los derechos de todos los sectores de la comunidad educativa.

Son los centros los que deciden los criterios que aplicarán para la designación de los responsables de los órganos de gobierno y de coordinación docente y las horas que dedicarán al desempeño de las tareas, siempre dentro de los márgenes que permite la normativa vigente. Cada centro docente puede elegir la organización que mejor convenga a su contexto y promover estrategias eficaces y eficientes para la mejora del clima escolar y el alcance del éxito educativo de todo su alumnado.