Centros directivos

• Consejera
• Viceconsejería
• S.G. de Agricultura, Ganadería y Alimentación
  • D.G. de la Producción Agrícola y Ganadera
  • D.G. de Industrias, Innovación y Cadena Agroalimentaria
• S.G. de Fondos Europeos al Desarrollo Rural Sostenible
  • D.G. de Ayudas Directas y de Mercados
• S.G. de Medio Ambiente, Agua y Cambio Climático
  • D.G. de Medio Natural, Biodiversidad y Espacios Protegidos
  • D.G. de Calidad Ambiental y Cambio Climático
  • D.G Planificación y Recursos Hídricos
  • D.G. de Infraestructuras del Agua
• Secretaría General Técnica
• D.G. de Pesca y Acuicultura
• Delegaciones territoriales

Organismos adscritos

• Agencia de Gestión Agraria y Pesquera de Andalucía
• Instituto Andaluz de Investigación y Formación Agraria, Pesquera, Alimentaria y de la Producción Ecológica
• Agencia de Medio Ambiente y Agua de Andalucía
• Fundación para el Desarrollo Sostenible de Doñana y su Entorno - DOÑANA 21

Órganos colegiados

• Comisión de Autoridades Competentes de las Demarcaciones Hidrográficas de las Cuencas Mediterráneas Andaluzas, Guadalete y Barbate y Tinto, Odiel y Piedras
• Comisión de Transparencia
• Comisión de Participación en la Ordenación y Gestión del Litoral
• Comisión para la coordinación en materia de residuos
• Consejo Andaluz de Medio Ambiente
• Consejo Andaluz de Biodiversidad
• Consejo Andaluz del Agua
• Comisión Estadística y Cartográfica
• Unidad Estadística y Cartográfica
• Consejo Rector de la Agencia de Gestión Agraria y Pesquera de Andalucía
• Comisión de Control de la Agencia de Gestión Agraria y Pesquera de Andalucía
• Comité Consultivo de la Agencia de Gestión Agraria y Pesquera de Andalucía