Estudio de asociación de genoma completo de una población experimental de fresa de la colección del género Fragaria del Centro IFAPA de Málaga
La actividad ha sido realizada con financiación de la Consejería competente en materia de I+D+i de la Junta de Andalucía y por FEDER Una manera de hacer Europa, recibiendo una ayuda de la Consejería de Transformación Económica, Industria, Conocimiento y Universidades (Resolución de la Secretaría General de Universidades, Investigación y Tecnología de 20/10/2020).
El cultivo de frutos rojos es un motor económico y social esencial para la provincia de Huelva, el resumen provisional de la campaña 2017-2018 apunta aumentos de los precios medios de la fresa de un 8,6%. Andalucía ha exportado en la campaña 2017-2018, hasta mayo, 287.260 toneladas de frutos rojos por valor de 969,9 millones de euros, un 1,1% más que en el mismo periodo del curso anterior, cuando la comercialización fuera de las fronteras nacionales de fresas, frambuesas y arándanos dejó en la balanza comercial de la comunidad autónoma un montante de 959,4 millones de euros.
Con este proyecto se pretende la búsqueda de alelos asociados a características de interés agronómico (rendimiento, contenido de azúcares, vitamina C, metabolitos secundarios incluyendo compuestos fenólicos, dureza, etc.) mediante un estudio de asociación en genoma completo (GWAS), usando para ello una selección de 192 variedades de fresa cultivada y especies próximas de la colección del genero Fragaria del Centro IFAPA de Málaga.
Para identificar los alelos superiores de genes que controlan caracteres de interés para la calidad del fruto de fresa, realizaremos un estudio de genoma completo (GWAS) con variedades modernas y variedades tradicionales, así como con accesiones de los parentales silvestres de la fresa cultivada, F. chiloensis y F. virginiana. La cobertura de todo el genoma con marcadores que aseguren el seguimiento de todos los bloques de ligamiento es posible en la fresa mediante la plataforma Axiom¿ Strawberry Genotyping Array que ofrece 95.052 SNPs e Indels. Por lo tanto pueden encontrarse marcadores asociados a cada uno de los QTL de un carácter o del conjunto de caracteres interesantes en el cultivo. El genotipo para estos marcadores de cada individuo permitiría estimar tanto su valor fenotípico como su valor de mejora cuando fuera usado como parental en el proceso de obtención de una nueva variedad.