Desde el curso 1996/97, el Consejo Escolar de Andalucía organiza anualmente unas jornadas monográficas dirigidas a los distintos colectivos que componen la comunidad educativa. A través de las mismas se abordan  temas educativos de actualidad, difundiéndolos mediante las oportunas publicaciones.

Anualmente, representantes de los Consejos Escolares de las Comunidades Autónomas y del Estado se reúnen para debatir sobre un tema educativo de interés común, previamente acordado. La organización de estos Encuentros corresponde cada año a uno de los Consejos participantes que es además el encargado de elaborar, a partir de las aportaciones de los diferentes Consejos, un documento síntesis que es sometido a debate y consensuado durante esas Jornadas.