Una vez asumidas las competencias en materia de educación por parte de la Comunidad Autónoma de Andalucía, el Parlamento de Andalucía aprobó en enero de 1984 la Ley 4/1984, de Consejos Escolares, que establece la composición y funciones de los órganos territoriales de participación educativa (Consejo Escolar de Andalucía, Consejos Escolares Provinciales y Consejos Escolares Municipales). El Decreto 332/1988, de 5 de diciembre, regulador de los Consejos Escolares de ámbito territorial (modificado por el Decreto 286/2010, de 11 de mayo), constituye, por su parte, la norma de desarrollo de la citada Ley.

En octubre de 1989 fueron nombrados los miembros que constituirían el primer Pleno de esta institución, así como el primer Presidente que ostentaría su representación. Desde entonces, el Consejo ha contado con varias personalidades al frente del mismo: D. Pedro Arroyal Espigares (1989-1994), D. Leocadio Marín Rodríguez (1994-1996), D. Juan Ruiz Lucena (1996-2001), D. Emilio Iguaz de Miguel (2001-2008), D. Antonio Lara Ramos (2008-2009), D. A. Ernesto Gómez Rodríguez (2009-2019) y D. José Antonio Funes Arjona (2019-2022). Desde octubre de 2022, ostenta la Presidencia de esta institución D. Manuel Pérez García.

La primera sesión de Pleno tuvo lugar en la Sala de Convalecientes del Rectorado de la Universidad de Granada el día 22 de febrero de 1990. Ese mismo año quedó elaborado el primer Reglamento de Régimen Interior, que ha sido modificado por el Reglamento de Funcionamiento (Orden de 14 de febrero de 2011). En dicho documento se detallan la composición y funciones del Consejo y se establecen las normas de funcionamiento de las sesiones del Pleno y las Comisiones.

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