La Red Natura 2000 surge de la Directiva 92/43/CEE del Consejo, de 21 de mayo de 1992, relativa a la conservación de hábitats naturales y de la fauna y flora silvestres (Directiva Hábitats), aunque fue actualizada posteriormente mediante la Directiva 97/62/CE del Consejo, de 27 de octubre de 1997.
La creación de la Red Natura 2000 se efectúa y consolida mediante la declaración de espacios amparados bajo dos figuras de protección:
- Zonas Especiales de Conservación (ZEC):
Creación de una lista nacional de lugares. En España, los órganos competentes de cada comunidad autónoma elaboran, a partir de los criterios establecidos en el Anexo III de la Directiva Hábitats y la información científica disponible, una lista de lugares que pudieran ser declarados como ZEC, con indicación de los tipos de hábitats naturales y de las especies autóctonas existentes en ellos. La lista se envía al órgano competente de la Administración General del Estado, para que este, a su vez, la dirija a la Unión Europea.
Publicación de una lista actualizada de Lugares de Importancia Comunitaria (LIC) de las distintas regiones biogeográficas. La Comisión Europea, en colaboración con los Estados miembro y asesorada por el Centro Temático para la Protección de la Naturaleza y la Biodiversidad de la Agencia Europea de Medio Ambiente, elige aquellos lugares que, por sus valores, deben formar parte de la Red Natura 2000.
Declaración como ZEC de los lugares incluidos en la lista de LIC. En España, las declaraciones las realiza cada comunidad autónoma, fijando las prioridades en función de la importancia de los lugares y de las amenazas que pesen sobre ellos
- Zonas de Especial Protección para las Aves (ZEPA).
Las ZEPA fueron clasificadas inicialmente como tales en virtud del Anexo I de la Directiva Aves y, después, conforme a la Directiva 2009/147/CE del Parlamento Europeo y del Consejo, de 30 de noviembre de 2009. Esto implica que las ZEPA se integran directamente en la Red Natura 2000. En España, son las comunidades autónomas las que declaran estos espacios.