El Jardín Botánico se encuentra en las estribaciones meridionales de la Sierra de la Almijara, en pleno corazón de la Axarquía malagueña, a unos 150 metros sobre el nivel del mar. Representa la flora y vegetación del sector biogeográfico Malacitano-Almijarense que incluye las sierras de Tejeda, Almijara, Alhama, Huétor, Arana, Montes de Málaga, orla calizo-dolomítica de Sierra Nevada y zonas costeras comprendidas entre Málaga y Motril (provincias de Málaga y Granada). En Andalucía, este sector recoge una gran diversidad de especies y ecologías, pero destaca sobre todo, por recoger la mayor cantidad de especies dolomitóticas (asociadas a sustratos dolomíticos), casi todas ellas raras y endémicas. En consecuencia, muchas se encuentran amenazadas y protegidas por la legislación.
