El origen de la contaminación atmosférica en Andalucía viene determinado, además de por ciertas actividades industriales, fundamentalmente por las concentraciones urbanas y áreas metropolitanas, cada vez más congestionadas (a pesar de poseer en Andalucía un tamaño medio en el contexto de las ciudades europeas). Estos núcleos de población suponen una concentración significativa en las emisiones de sustancias contaminantes procedentes de vehículos, industrias y usos domésticos.
La industria es el sector responsable de la contaminación atmosférica en ciertos enclaves territoriales (polígonos industriales, como los de Huelva y Algeciras, y núcleos fabriles más dispersos y de menor volumen, repartidos por todo el territorio andaluz). Sin embargo, su carácter localizado ha hecho posible el diseño y la aplicación de medidas específicas de corrección y control.
Las principales fuentes asociadas al sector industrial se corresponden a las centrales térmicas, la industria petroquímica y química, la siderurgia, las industrias del sector metalúrgico en general, la industria alimentaria, papelera y del cemento.
No obstante, de manera general cabe afirmar que son los núcleos urbanos y, en particular, el transporte y la movilidad, los principales causantes del deterioro de la calidad del aire.
A estos condicionantes se suman ciertas características naturales que propician la concentración de contaminantes. Por un lado, la proximidad a los desiertos del norte de África determina que elevadas concentraciones de partículas alcancen el territorio andaluz. Por otro lado, las condiciones de radiación y temperatura de primavera y verano favorecen la formación de contaminantes secundarios de origen fotoquímico, como el ozono troposférico.