Los planes hidrológicos elaborados en el marco de la DMA establecen los programas de control del estado de las masas de agua costeras y de transición de las Demarcaciones intracomunitarias. Se realizan muestreos de una serie de indicadores de forma periódica (mensual, trimestral o anual), en función de las características de la masa de agua. Los indicadores son:
| Elemento | Indicador |
| Fauna bentónica de invertebrados | Benthic Opportunistic Polychaetes Amphipods Index |
| Composición, abundancia y biomasa de fitoplancton | Concentración de clorofila a (mg/m3) Blooms algales (%) |
| Estado de acidificación | pH |
| Condiciones de oxigenación | Oxígeno disuelto (mg/L) Tasa de saturación de Oxígeno (%) |
| Condiciones térmicas | Temperatura (ºC) |
| Salinidad | Conductividad (mS/cm) Salinidad |
| Transparencia | Profundidad del disco de Secchi (m) |
| Nutrientes | Amonio (µmoles/L) Fosfatos (µmoles/L) Nitratos (µmoles/L) Nitritos (µmoles/L) |